Црква Светих Апостола Петра и Павла подигнута је у периоду од 1832. до 1834. године, као задужбина кнеза Милоша Обреновића, који је подигао многобројне храмове и манастирске конаке у земљи као и ван ње.
Према народној традицији, кнез Милош је подигао овај храм у знак свог спасења и благодарности Богу за чудо које му се десило у време Првог српског устанка. Карађорђе је први уочио изванредан значај Топчидера за војну и економску блокаду београдске тврђаве којом су Турци тада управљали. Приликом једне такве опсаде и пресека комуникације за снабдевање београдске тврђаве, Милош је имао задатак да држи затвореним пут ка Ваљеву и Крагујевцу. Међутим он се нагодио са Турцима и пропустио је турску војску. Тада га је Карађорђе заробио и одвео на старо напуштено гробље, у близини, да га убије. Самим чудом, а на инсистирање Војводе Младена Миловановића поштедео му је живот. Верује се да је ово једини пут када је Карађорђе потегао кубуру на некога, а да га није убио. У спомен на то чудо по доласку на власт кнез Милош је испунио свој завет и обећање саградивши ову цркву и конак за Митрополита Србије на месту тог старог гробља на коме се спасао Карађорђевог гнева.